13 октября на одном из озёр Рдейского заповедника была отмечена стая чернозобых гагар, состоящая более чем из 50-ти птиц. Европейская популяция этого вида в настоящее время находится в критическом состоянии и занесена в Красную книгу России. В гнездовое время на территории Рдейского заповедника регулярно отмечается несколько пар: крупные болотные озёра служат для них местом кормёжки, а на небольших труднодоступных водоёмах они выводят птенцов. Этот вид чрезвычайно чувствителен к фактору беспокойства, поэтому заповедные озёра являются одним из немногих мест в Новгородской области, где птицы могут гнездиться. Кроме того, территория заповедника имеет особое значение для перелета птиц, на заповедных озерах гагары отдыхают во время миграций. Осенью 2016 года получены новые убедительные доказательства, что миграционный путь европейской чернозобой гагары проходит через территорию Полистово-Ловатской болотной системы, и в частности через Рдейский заповедник.
